Exploration cellulaire avec ML à l’Institut Allen avec Jianxu Chen

Aujourd’hui, nous sommes rejoints par Jianxu Chen, un scientifique du groupe de développement des tests de l’Institut Allen pour les sciences cellulaires. Lors de la dernière conférence du GTC, Jianxu a présenté son travail sur la boîte à outils Allen Cell Explorer, un projet open-source qui permet aux utilisateurs de faire une segmentation 3D de structures intracellulaires dans des images de microscope à fluorescence à des résolutions élevées, ce qui rend les images plus accessibles pour l’analyse des données. Dans notre conversation, nous discutons de trois des principaux composants de la boîte à outils: l’analyseur d’image cellulaire, le générateur d’images et le visualiseur d’image. Nous explorons également la transition de Jianxu de l’informatique en biologie informatique. Plus largement, nous couvrons comment l’utilisation des GPU a fondamentalement changé cette recherche et les objectifs de son équipe lorsqu’ils ont commencé le projet.