Étiquetage des cellules avec Napari et Python: un guide étape par étape pour l’analyse de bioimage

Auteur (s): MicrobioscopicData (par Alexandros Athanasopoulos)

Publié à l’origine sur Vers l’IA.

Dans ce tutoriel, nous passerons par un guide étape par étape sur la façon d’étiqueter les cellules à l’aide de Napari, une visionneuse d’image multidimensionnelle interactive pour Python, idéal pour les données de microscopie. Ce guide pratique est conçu pour les biologistes, les scientifiques des données et les analystes d’images, et couvrira tout ce que nous devons savoir – du chargement des images de microscopie à Python, de la navigation des outils d’étiquetage de Napari, et enfin de l’enregistrement de nos images étiquetées dans des dossiers structurés pour l’analyse en aval ou la machine / machine / machine / machine / machine / machine / machine / machine / machine / machine / machine / machine / machine / machine / machine / machine / machine / machine / machine / machine / machine / machine / machine / machine / machine / machine / machine / machine / machine / machineapprentissage en profondeur.

Nous travaillerons entièrement dans un environnement de carnet de jupyter, combinant les scripts Python avec l’exploration visuelle et l’annotation à l’aide de Napari. Ce tutoriel est conçu pour être adapté aux débutants, mais suppose que le lecteur a une compréhension de base de la microscopie, de la syntaxe Python et de la façon de travailler avec des cahiers de jupyter, ainsi qu’une familiarité générale avec les concepts de segmentation d’image.

Pour travailler efficacement avec nos images de microscopie – plus précisément. Lif des fichiers de Leica Microscope – et pour les étiqueter correctement avec Napari, il est essentiel de maintenir un système de dossier clair et bien structuré. Dans mon cas, j’utiliserai un système à 4 facteurs pour organiser mon projet:

Fichiers .lif bruts: Ce premier dossier stockera les fichiers de microscopie .lif d’origine, exactement comme exporté à partir de mon microscope Leica. Cela garantit que les données brutes restent… Lisez le blog complet gratuitement sur Medium.

Publié via Vers l’IA